影片故事讲述一所罗马尼亚研究所诞生的基因改造克隆人编号47的杀手故事。47的基因来自于世界上四大犯罪组织之首Lee Hong、Pablo Ochoa、Frantz Fuchs、Arkadij Jegorov以及其创造者科学家Otto Wolfgang Ort-Meyer。47儿时与其余约50名第四系列克隆人一同由研究所工作人员所抚养，接受枪械、搏击及刺杀训练，30岁时发现研究所的一个保安漏洞后逃脱，不久受雇于提供刺杀与佣兵服务的秘密组织国际契约情报局并迅速成为情报局内效能最高的杀手。47性格内向，沉默寡言，几乎从不在言语间流露情感，只有西西里神父维托里奥（游戏《杀手2：沉默刺客》里的角色）及其情报局联络人戴安娜·伯伍德有较多交流。接受合约后47将严格执行并完成刺杀目标的任务，也会铲除任何危及任务及得悉其身份的人士，即使是无辜者也不例外。他的最新目标是一名正在试图逃脱强大的神秘力量的年轻女性，这次任务将泄漏关于他和他猎物的惊人秘密，他们将追溯自己的过去。