在上一集的故事结束后13年,巴西里约特别警察行动部队队长纳西门托的个人和家庭生活成为了《精英部队2》的主线。里约特别警察行动在一次平复监狱暴动的行动中吃了大亏,伤了元气。队长纳西门托虽然平步青云,但也因为这次事件的影响受到了牵连。这时候,一场大规模的政治斗争在巴西的土地上燃烧开来,上至总统贵族,下至贩夫走卒,统统都受到了影响。不仅仅是警察局、连军队和特别警察部门都惹了麻烦。不过,对于纳西门托来说,他不仅有外患,而且还有内忧。他的正值青春期的孩子渐渐脱离了纳西门托的监管,跑到了里约热内卢的街头,做了一个小混混。他的这种行为,直接对他的继父产生了巨大的影响。在这个年龄,在这样的一个国家,纳西门托要如何才能安身立命,要如何才能安稳地活下去?