最近，地球上出现了一个极其神秘的恐怖组织，它的名字叫“眼镜蛇”，而让“眼镜蛇”闻名全球的原因，则是源自其对埃菲尔铁塔的一次恐怖行动，在“眼镜蛇”的恐怖轰炸之下，这座法国的标志性建筑物顷刻之间化为乌有。很显然，“眼镜蛇”的这次行动只是一个开始，它向全世界宣告“眼镜蛇”的成立，而他们的目的则隐藏得更深，许多国家开始感到不安，因为他们不知道什么时候“眼镜蛇”的恐怖行径就会落到自己的国家当中，世界陷入了恐慌状态。联合国对此也感到大为棘手，因此这时候，总部设在布鲁塞尔的一支秘密行动小组就开始发威了他的威力。这支名为 G.I.Joe 的特种部队由霍克将军（丹尼斯·奎德 饰）担任领头羊，手下高手云集，副指挥官是公爵（查宁·塔图姆 饰），参加过越南的他曾经与霍克一起多次出生入死；红发女（蕾切尔·尼科尔斯 饰）是一个武术高手，她的身手可不比男人差；除此之外还有专职执行高空任务的开伞索（马龙·韦恩斯 饰）、会七国语言的通讯员“断路器”（萨伊德·塔马乌伊 饰）、军火专家“重载”（阿德沃尔·阿吉纽依-艾格拜吉 饰）、沉默寡言的“蛇眼”（雷·帕克 饰）等 12 名成员。他们开始追查行动，很快查明了“眼镜蛇”的的阴谋，而他们首先要解决掉的是给“眼镜蛇”提供军火支持的战争狂人的迪斯特罗（克里斯托弗·埃克莱斯顿 饰）。而“眼镜蛇”组织里也有着不少心狠手辣的铁腕人物，例如外表性感漂亮，心肠却狠毒如蛇蝎的“男爵夫人”（西耶娜·米勒 饰）就是当中的代表人物。除此之外，还有与蛇眼是兄弟的白幽灵（李秉宪 饰）。G.I.Joe 为阻止“眼镜蛇”的阴谋而与其展开大战，随着两方战斗的白热化，原本一直深藏不露的一位“眼镜蛇”重要成员也逐渐显露出真身，他的真实身份会令 G.I.Joe 的成员大吃一惊……