在平凡的夏日一天，大雄和好友们在空地上举行独角仙相扑比赛，虽然寄予了无数的厚望，可是大雄的独角仙还是败在胖虎的手下。他回到家后心有不甘，痛哭流涕。哆拉A梦和哆拉美实在看不下去，拿出道具时光洞帮大雄捕捉更强大的独角仙。谁知他们却意外抓到了早在500年前就已经灭绝的大型动物恐鸟，善良的小伙伴们不愿将恐鸟送回原处迎接灭亡的命运，于是一同前往了位于大海中央的奇迹之岛是由灭绝动物学家凯利博士主持开发、专门用作保护灭绝生物的岛屿。在这里，小伙伴们见到了巨犀、板齿犀、渡渡鸟、剑齿虎等只在图片上才见过的生物。与此同时，他们还见到了和大雄长得一模一样的神秘男孩达凯。达凯来自祖祖辈辈生活在岛上的乐可乐一族，族人奉黄金独角仙赫拉克勒斯为守护神。大雄他们受到乐可乐族的欢迎和礼遇，他们也很快和达凯以及可爱的女孩可珑成为好朋友。突然，一伙邪恶之人打破了奇迹之岛的宁静。来自未来的恶德商人谢尔曼妄图夺取黄金独角仙，他和他的爪牙斯卡伊、史奈克、罗克将贪婪之手伸向小岛。为了保护岛上的动物和黄金独角仙，哆拉A梦、大雄以及小伙伴们勇敢地迎接挑战.