花音恢复了人类的身姿后，迎来了第一次的生日——突然，事件发生了。假面骑士Dark Ghost率领3人的假面骑士Dark Necrom出现在小尊他们的面前。在战斗中，小尊、诚、亚伦，然后明里、御成、花音，被吸进七色的光芒的方向里去。他们到达的地方是历史上的伟人们的灵魂被实体化后，所生活在不可思议的村落。但是，假面骑士Dark Ghost是用这个村子的英雄们的灵魂，来收集100个眼魂完成“究极的眼魂”。如果“究极的眼魂”完成的话，所有世界的人都会变成鬼魂。假面骑士Dark Ghost的真实身份居然是亚伦已经去世的大哥·阿尔戈斯。另一方面，诚和长的间失踪的父亲·深海大悟再次相会了。亚伦对阿尔戈斯的计划提出异议。然后，阿尔戈斯俘虏了花音，来要挟诚的帮助自己，大悟不可理解的行动，使诚与之发生激烈的冲突，不久诚=假面骑士Specter和大悟=假面骑士Zero Specter父子对决！ 前往阻止“究极的眼魂”的完成。跨越了无数考验的小尊，现在面临着最终的选择。阻止全人类变成鬼魂的方法只有一个。 “再见，我！” 命运的瞬间——小尊，明里在想什么呢!?