在一个炎热的夏天，鬼太郎收到了一封来信。寄信人是一个名叫川村惠的女孩。她的父亲是一位植物学家，据说在巴尔鲁岛，但某天突然失踪了。 抵达巴尔鲁岛的鬼太郎向村民打听了详细情况。他前往丛林，与树精（Kijimunā）展开了对决。然而，鬼太郎却被赤蛇夺走了妖气，并被其捕获。原来，南方的妖怪们对日本人感到愤怒。 鬼太郎被夺走了木屐和背心，并被灌下生命之水，变成了巨大的海兽。为了找回鬼太郎的妖气，眼珠老爹他们开始寻找药草。 他们得知了海兽在街上肆虐的消息。变成海兽的鬼太郎遇到了伙伴们，但他无法说话，伙伴们也没能意识到他就是鬼太郎。看到镜子中自己模样的鬼太郎大为震惊，当他回过神来时，已经在破坏东京的街道了。 鬼太郎在受到自卫队攻击后逃入了大海。受伤的鬼太郎心想：“也许再也变不回来了。但我并不后悔去了巴尔鲁岛。只是，希望至少爸爸能认出我。” 在日出山，一行人历经千辛万苦终于找到了药草。与此同时，南方的妖怪们在街头大肆破坏，为所欲为。鬼太郎试图阻止南方的妖怪们。然而，以现在这副模样，他即使冲上去也只会给人添麻烦。 趁南方妖怪们不备逃出来的鼠男，终于能告诉眼珠老爹：“海兽的真面目是鬼太郎”。井户仙人教给了眼珠老爹让鬼太郎恢复原状的方法。 用捣碎的椰子果和药草煎成的药恢复原状的鬼太郎，再次与南方的妖怪们展开了对决……