在未知的生命体奇居子摧毁了地球之后，人类勉强活了下来，继续乘坐巨大的宇宙飞船 「希德尼娅 」飞行，但奇居子在100年后第一次出现。人类再次面临毁灭的威胁，但由于由人类和奇居子创造的白羽衣紬和人形战斗武器卫人的王牌飞行员谷风长道的努力，奇居子被暂时打败了。 他们成功地赢得了这场战斗。从那时起，十年已经过去了。 希德尼娅的人民正享受着短暂的和平时期。 紬也平静地度过了她的日子，思念着长道，他现在是西多尼亚的英雄。 然而，舰长小林知道，只要奇居子在这里，这种和平就不会持续太久。然后，以人类的存亡为赌注，决定最终决战。为了守护心爱的人，希德尼娅最后的战斗终于开始了。剧场版的故事发生在击退奇居子的十年后，依旧以宇宙飞船“希德尼娅” 为舞台，人类面临着决定存亡的最终决战。