石之森学园中学迎来了新的学年，在烂漫的季节里，被人称作“爱丽丝”的初三女孩有栖川彻子转学来到这里。虽然爱丽丝可爱灵巧，但是似乎新同学们对她的到来多有忌惮，这令她倍感郁闷。未过多久，爱丽丝从同学口中听说了一年前发生在3年1组的一个杀人事件的传言，还听说她现在这个家的旁边是一个被周围人称作“花屋敷”的可怕所在，附近的中学生都不敢轻易靠近。据说花屋敷内住着一个长期旷课的女孩，被人称作“花”的荒井花，她刚好也是爱丽丝的同学。为了弄清杀人事件的真相，爱丽丝决定潜入花屋敷一探究竟。所谓的杀人事件究竟是怎么回事？花闭门不出的原因又是什么？两个原本互不相识的女孩，因为这起“世界最小杀人事件”的谜团走到一起，并且携手展开了不同寻常的冒险之旅。